健保局規定每筆處方簽需於24小時內上傳健保局，若上傳回報有錯誤，可於24小時內不限次數重新上傳，不納入錯誤率計算。

每日上傳時，會上傳過卡時記錄的：安全簽章、過卡時間（記錄到秒）、SAM的序號、健保卡的序號，以驗證該處方簽在該藥局批價並在該藥局上傳。

進行每日上傳後，每月費用申報的作業依舊要進行。